O principal problema ao ter varias instâncias do MariaDB rolando no mesmo computador é que você obterá problemas entre portas e sockets.

A solução para isto, quando você quer ter sua propria instalação do MariaDB, é adicionar algo parecido com isto no seu arquivo /.my.cnf:

[client]
# TCP port to use to connect to mysqld server
port=3306
# Socket to use to connect to mysqld server
socket=/tmp/mysql.sock
[mariadb]
# TCP port to make available for clients
port=3306
#  Socket to make available for clients
socket=/tmp/mysql.sock
# Where MariaDB should store all it's data
data=/usr/local/mysql/data

Os de acima são os valores padrão. Altere eles para valores exclusivos na sua instalação.

O de acima deveria ser suficiente para fazer com que o mysqld inicie e para os clientes como o mysql se conectem a ele. Documentação para outras opções pode ser encontrada aqui.

Para verificar que valores está usando o mysqld você pode executar o seguinte:

mysqld --print-defaults

Para listar os valores padrão, verifique o final na saída de:

mysqld --help --verbose

Se o seu problema for que o mysqld lê opções desde arquivos de sistema my.cnf (como /etc/my.cnf) você pode forçá-lo a ler somente um arquivo de configuração específico:

mysqld --defaults-file=~/.my.cnf

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